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译者序
前言
第1章 大肠杆菌、质粒和噬菌体
1.1 培养基的制备及细菌学工具
1.2 在液体培养基中培养
1.3 固体培养基上培养
1.4 经典细菌遗传学选论
1.5 质粒载体
1.6 质粒DNA的小量制备
1.7 质粒DNA的大量制备
1.8 将质粒DNA导入细菌细胞
1.9 λ噬菌体概述
1.10 作为克隆载体的λ噬菌体
1.11 λ噬菌体铺平板产生噬斑
1.12 培养λ衍生的噬菌体载体
1.13 从噬菌体裂解液中制备λDNA
1.14 源于丝状噬菌体的载体
1.15 利用M13噬菌体衍生载体制备单链DNA
第2章 DNA的制备和分析
2.1 水溶液中DNA的纯化和浓缩
2.2 阴离子交换色谱法纯化DNA
2.3 从哺乳动物组织中制备基因组DNA
2.4 从植物组织中制备基因组DNA
2.5 从细菌中制备基因组DNA
2.6 琼脂糖凝胶电泳
2.7 脉冲场凝胶电泳
2.8 从琼脂糖凝胶中分离和纯化大的DNA限制酶切片段
2.9 常规凝胶电泳分离小分子DNA片段
2.10 DNA的毛细管电泳
2.11 Southern印迹法
2.12 DNA的斑点和狭线印迹
2.13 DNA印迹的杂交分析
2.14 寡核苷酸的合成及纯化
2.15 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化寡核苷酸
第3章 DNA和RNA的酶学操作
3.1 限制性内切核酸酶消化DNA
3.2 核酸操作的常用试剂和放射性同位素
3.3 DNA依赖的DNA聚合酶
3.4 不依赖于模板的DNA聚合酶
3.5 依赖RNA的DNA聚合酶
3.6 依赖DNA的RNA聚合酶
3.7 磷酸酶和激酶
3.8 外切核酸酶
3.9 内切核酸酶
3.10 核糖核酸酶
3.11 DNA连接酶
3.12 RNA连接酶
3.13 DNA片段的亚克隆
3.14 聚合酶链反应构建重组DNA
3.15 非同位素探针的标记和比色检测
3.16 非同位素探针的化学发光检测
第4章 RNA的制备和分析
4.1 异硫氰酸胍法制备总RNA
4.2 酚／SDS法制备植物RNA
4.3 制备细菌RNA
4.4 poly（A）＋RNA的制备
4.5 用单链DNA探针进行mRNA的S1核酸酶作图分析
4.6 核酸酶保护试验
4.7 引物延伸
4.8 RNA的Northern印迹和狭线杂交分析
4.9 鉴定新转录的RNA
第5章 重组DNA文库的构建
5.1 基因组DNA文库概述
5.2 cDNA文库概述
5.3 噬菌体文库的扩增
5.4 黏粒和质粒文库的扩增
第6章 重组DNA文库的筛选
6.1 噬菌体文库的铺平板和转移
6.2 黏粒及质粒文库的铺平板和转移
6.3 应用DNA片段作探针
6.4 使用合成寡核苷酸作探针
6.5 噬菌体克隆的纯化
6.6 黏粒和质粒克隆的纯化
6.7 在λ噬菌体噬斑中产生的融合蛋白的免疫筛选
6.8 在杂交选择和翻译后进行的免疫筛选
6.9 用单克隆抗体表达克隆
6.10 基于重组方法（RBA）以筛选λ噬菌体文库
第7章 DNA序列测定
7.1 DNA测序策略
7.2 构建用于DNA测序的嵌套式缺失体
7.3 制备DNA测序模板
7.4 双脱氧法DNA测序
7.5 化学发光双脱氧DNA测序法
7.6 化学测序法
7.7 用于测序的变性凝胶电泳
第8章 克隆化DNA的诱变
8.1 用简并寡核苷酸在小段DNA序列中产生大量突变基本方案
8.2 基因合成：用互为引物的长段寡核苷酸组合目的序列
8.3 PCR介导的随机突变
8.4 DNA的接头分区诱变
8.5 PCR介导的诱变
第9章 DNA导入哺乳动物细胞
9.1 磷酸钙转染法
9.2 DEAE-葡聚糖转染
9.3 电穿孔转染法
9.4 阳离子脂质体介导的真核细胞转染
9.5 转染哺乳动物细胞的选择
9.6 遗传报道基因系统概述
9.7 报道基因活性的同位素分析方法
9.8 非同位素分析报道基因活性
9.9 用维多利亚水母绿色荧光蛋白（GFP）研究体内蛋白动力学
9.10 逆转录病毒转导系统概述
9.11 建立特异的逆转录病毒产毒细胞系
9.12 制备高滴度逆转录病毒上清的瞬时转染方法
9.13 大规模制备和浓缩逆转录病毒原液
9.14 逆转录病毒原液中辅助病毒的检测
9.15 用逆转录病毒在体外及体内感染细胞
第10章 蛋白质分析
10.1 分光光度分析法和比色法测定蛋白质浓度
10.2 定量氨基酸的分析
10.3 蛋白质的单向SDS凝胶电泳
10.4 使用O’Farrell系统的双向凝胶电泳
10.5 凝胶中蛋白质的染色
10.6 免疫印迹和免疫检测
10.7 凝胶过滤层析
10.8 离子交换层析
10.9 免疫亲和层析
10.10 金属螯合亲和层析
10.11 多肽和蛋白质的HPLC：准备工作和系统组装
10.12 多肽和蛋白质的HPLC：标准操作条件
10.13 肽的反相分离
10.14 通过表位标签纯化重组蛋白研究蛋白质互相作用
10.15 免疫沉淀
10.16 克隆化基因的体外转录和翻译
10.17 氨基酸代谢标记
10.18 分离蛋白质用于微量序列分析
10.19 蛋白质和多肽的毛细管电泳
第11章 免疫学
11.1 酶与抗体的偶联
11.2 酶联免疫吸附分析（ELISA）
11.3 老鼠的免疫
11.4 单克隆抗体上清和腹水的制备
11.5 单克隆抗体的纯化
11.6 多克隆抗血清的制备
11.7 从抗血清、腹水或杂交瘤上清液中纯化免疫球蛋白G组分
11.8 免疫原性肽的选择
11.9 抗肽抗体的制备
第12章 DNA-蛋白质相互作用
12.1 从哺乳动物细胞中制备核和细胞质提取物
12.2 DNA结合在凝胶电泳中的迁移率变动分析
12.3 用来分析蛋白质-DNA相互作用的甲基化和尿嘧啶干扰分析法
12.4 DNA酶Ⅰ足迹分析法
12.5 蛋白质与核酸的紫外交联
12.6 用生物素／链霉亲和素亲和系统纯化DNA结合蛋白
12.7 编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定
12.8 用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA-蛋白质相互作用
12.9 序列特异性DNA结合蛋白的亲和层析纯化
12.10 PCR辅助的结合位点选择确定蛋白质-DNA序列的特异性
第13章 酿酒酵母
13.1 酵母菌培养基的制备
13.2 酵母菌的培养与操作
13.3 酵母菌基因组转座子的诱变
13.4 酵母菌载体与克隆基因表达产物的检测
13.5 将DNA导入酵母细胞
13.6 利用互补作用克隆酵母菌基因
13.7 酵母细胞中质粒的加工
13.8 克隆化酵母DNA的加工
13.9 酵母DNA的制备
13.10 酵母菌RNA的制备
13.11 制备酵母蛋白抽提物
第14章 原位杂交和免疫组织化学
14.1 组织、胚胎及单细胞的固定、包埋及切片
14.2 冰冻切片
14.3 细胞RNA的原位杂交
14.4 杂交探针的检测
14.5 放射自显影原位杂交玻片的复染和压片固定
14.6 免疫组织化学法
14.7 用非同位素探针进行原位杂交和检测
14.8 原位PCR和杂交检测低丰度的靶核酸
14.9 RNA在脊椎动物的胚胎和器官中的整体标本原位杂交和检测
14.10 荧光显微镜的原理及使用
14.11 共聚焦显微术基本原理
14.12 原位杂交的测量
14.13 细胞凋亡的形态：生化性质和流式细胞仪检测
14.14 β-半乳糖苷酶活性的整体封片免疫组化检测
第15章 聚合酶链反应（PCR）
15.1 PCR扩增DNA：标准程序和优化
15.2 利用PCR产物直接进行DNA序列测定
15.3 用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR
15.4 PCR产物的分子克隆
15.5 PCR扩增RNA（RT-PCR）
15.6 利用单侧PCR（锚式PCR）进行cDNA扩增
15.7 通过PCR方法对微量DNA进行定量分析
第16章 蛋白质的表达
16.1 蛋白质在大肠杆菌中的表达概述
16.2 T7噬菌体RNA聚合酶／启动子表达系统
16.3 融合蛋白载体表达概述
16.4 融合蛋白的酶解和化学裂解
16.5 谷胱甘肽-S-转移酶融合蛋白的表达及纯化
16.6 硫氧还蛋白融合蛋白的表达和纯化
16.7 杆状病毒表达系统的概述
16.8 昆虫细胞培养的保存及重组杆状病毒的产生
16.9 用杆状病毒系统表达和纯化重组蛋白
16.10 概述：蛋白质在哺乳动物细胞中表达
16.11 用COS细胞瞬时表达蛋白质
16.12 痘苗病毒表达系统概述
16.13 细胞系和痘苗病毒储液的制备
16.14 重组痘苗病毒的制备
16.15 重组痘苗病毒及其产物的鉴定
16.16 用痘苗病毒／T7 RNA聚合酶系统表达基因
16.17 自主调节的四环素控制系统诱导基因表达
16.18 从哺乳动物细胞中表达和纯化抗原决定簇标记的多亚基蛋白复合体
第17章 蛋白质磷酸化的分析
17.1 蛋白质磷酸化概述
17.2 32Pi标记培养细胞和制备用于免疫沉淀的细胞裂解物
17.3 磷酸氨基酸分析
17.4 分析非标记蛋白质的磷酸化作用
17.5 酶法检测磷酸化作用
17.6 特异性识别酪氨酸磷酸化肽的抗体的制备
17.7 用外源性底物分析蛋白激酶
17.8 研究蛋白质磷酸化的渗透策略
17.9 磷酸肽图谱和磷酸化位点的鉴定
第18章 生物信息学
18.1 用BLAST程序组进行序列相似性搜索
第19章 蛋白质相互作用的分析
19.1 利用相互作用阱／双杂交系统鉴定相互作用蛋白
19.2 与GST融合蛋白结合的蛋白质的亲和纯化
19.3 基于噬菌体表达克隆来确认相互作用蛋白质
19.4 表面等离子共振技术
19.5 用共沉淀法检测蛋白质蛋白质之间的相互作用
19.6 用FarWestern分析识别蛋白质相互作用
第20章 染色质的装配与分析
20.1 微球菌核酸酶分析染色质结构
20.2 分离Triton／乙酸／尿素聚丙烯酰胺凝胶电泳分离组蛋白变体和翻译后修饰异构体
20.3 用免疫共沉淀的方法从总细胞抽提物中确定与染色质结合的蛋白质
20.4 从哺乳动物细胞中分离组蛋白和核小体核心
20.5 用盐透析的方法组装核小体模板
20.6 使用果蝇系统进行染色质重组
第21章 核酸阵列
21.1 核酸阵列概述
21.2 用于表达分析的mRNA的制备
21.3 用cDNA阵列技术检测人的基因表达谱
第22章 组合文库的建立和使用
22.1 构建组合库及文库所用的DNA库的设计、合成和扩增
22.2 肽适配体：用于细胞过程的正向及反向分析的显性遗传学试剂
22.3 利用mRNA显示法进行蛋白筛选
第23章 单个细胞或一群细胞间差异表达基因的发现和分析
23.1 差减cDNA文库的建立
23.2 基于PCR的差减cDNA克隆
23.3 mRNA的PCR差异显示
23.4 限制性内切核酸酶介导的差异显示（RMDD）
23.5 基于AFLP的转录表达谱分析
23.6 基因表达系列分析（SAGE）
附录1 试剂和溶液
附录2 实用测量值和数据
附录3 生物化学和分子生物学常用技术
附录4 试剂和设备的供应商
附录5 参考文献
前言
第1章 大肠杆菌、质粒和噬菌体
1.1 培养基的制备及细菌学工具
1.2 在液体培养基中培养
1.3 固体培养基上培养
1.4 经典细菌遗传学选论
1.5 质粒载体
1.6 质粒DNA的小量制备
1.7 质粒DNA的大量制备
1.8 将质粒DNA导入细菌细胞
1.9 λ噬菌体概述
1.10 作为克隆载体的λ噬菌体
1.11 λ噬菌体铺平板产生噬斑
1.12 培养λ衍生的噬菌体载体
1.13 从噬菌体裂解液中制备λDNA
1.14 源于丝状噬菌体的载体
1.15 利用M13噬菌体衍生载体制备单链DNA
第2章 DNA的制备和分析
2.1 水溶液中DNA的纯化和浓缩
2.2 阴离子交换色谱法纯化DNA
2.3 从哺乳动物组织中制备基因组DNA
2.4 从植物组织中制备基因组DNA
2.5 从细菌中制备基因组DNA
2.6 琼脂糖凝胶电泳
2.7 脉冲场凝胶电泳
2.8 从琼脂糖凝胶中分离和纯化大的DNA限制酶切片段
2.9 常规凝胶电泳分离小分子DNA片段
2.10 DNA的毛细管电泳
2.11 Southern印迹法
2.12 DNA的斑点和狭线印迹
2.13 DNA印迹的杂交分析
2.14 寡核苷酸的合成及纯化
2.15 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化寡核苷酸
第3章 DNA和RNA的酶学操作
3.1 限制性内切核酸酶消化DNA
3.2 核酸操作的常用试剂和放射性同位素
3.3 DNA依赖的DNA聚合酶
3.4 不依赖于模板的DNA聚合酶
3.5 依赖RNA的DNA聚合酶
3.6 依赖DNA的RNA聚合酶
3.7 磷酸酶和激酶
3.8 外切核酸酶
3.9 内切核酸酶
3.10 核糖核酸酶
3.11 DNA连接酶
3.12 RNA连接酶
3.13 DNA片段的亚克隆
3.14 聚合酶链反应构建重组DNA
3.15 非同位素探针的标记和比色检测
3.16 非同位素探针的化学发光检测
第4章 RNA的制备和分析
4.1 异硫氰酸胍法制备总RNA
4.2 酚／SDS法制备植物RNA
4.3 制备细菌RNA
4.4 poly（A）＋RNA的制备
4.5 用单链DNA探针进行mRNA的S1核酸酶作图分析
4.6 核酸酶保护试验
4.7 引物延伸
4.8 RNA的Northern印迹和狭线杂交分析
4.9 鉴定新转录的RNA
第5章 重组DNA文库的构建
5.1 基因组DNA文库概述
5.2 cDNA文库概述
5.3 噬菌体文库的扩增
5.4 黏粒和质粒文库的扩增
第6章 重组DNA文库的筛选
6.1 噬菌体文库的铺平板和转移
6.2 黏粒及质粒文库的铺平板和转移
6.3 应用DNA片段作探针
6.4 使用合成寡核苷酸作探针
6.5 噬菌体克隆的纯化
6.6 黏粒和质粒克隆的纯化
6.7 在λ噬菌体噬斑中产生的融合蛋白的免疫筛选
6.8 在杂交选择和翻译后进行的免疫筛选
6.9 用单克隆抗体表达克隆
6.10 基于重组方法（RBA）以筛选λ噬菌体文库
第7章 DNA序列测定
7.1 DNA测序策略
7.2 构建用于DNA测序的嵌套式缺失体
7.3 制备DNA测序模板
7.4 双脱氧法DNA测序
7.5 化学发光双脱氧DNA测序法
7.6 化学测序法
7.7 用于测序的变性凝胶电泳
第8章 克隆化DNA的诱变
8.1 用简并寡核苷酸在小段DNA序列中产生大量突变基本方案
8.2 基因合成：用互为引物的长段寡核苷酸组合目的序列
8.3 PCR介导的随机突变
8.4 DNA的接头分区诱变
8.5 PCR介导的诱变
第9章 DNA导入哺乳动物细胞
9.1 磷酸钙转染法
9.2 DEAE-葡聚糖转染
9.3 电穿孔转染法
9.4 阳离子脂质体介导的真核细胞转染
9.5 转染哺乳动物细胞的选择
9.6 遗传报道基因系统概述
9.7 报道基因活性的同位素分析方法
9.8 非同位素分析报道基因活性
9.9 用维多利亚水母绿色荧光蛋白（GFP）研究体内蛋白动力学
9.10 逆转录病毒转导系统概述
9.11 建立特异的逆转录病毒产毒细胞系
9.12 制备高滴度逆转录病毒上清的瞬时转染方法
9.13 大规模制备和浓缩逆转录病毒原液
9.14 逆转录病毒原液中辅助病毒的检测
9.15 用逆转录病毒在体外及体内感染细胞
第10章 蛋白质分析
10.1 分光光度分析法和比色法测定蛋白质浓度
10.2 定量氨基酸的分析
10.3 蛋白质的单向SDS凝胶电泳
10.4 使用O’Farrell系统的双向凝胶电泳
10.5 凝胶中蛋白质的染色
10.6 免疫印迹和免疫检测
10.7 凝胶过滤层析
10.8 离子交换层析
10.9 免疫亲和层析
10.10 金属螯合亲和层析
10.11 多肽和蛋白质的HPLC：准备工作和系统组装
10.12 多肽和蛋白质的HPLC：标准操作条件
10.13 肽的反相分离
10.14 通过表位标签纯化重组蛋白研究蛋白质互相作用
10.15 免疫沉淀
10.16 克隆化基因的体外转录和翻译
10.17 氨基酸代谢标记
10.18 分离蛋白质用于微量序列分析
10.19 蛋白质和多肽的毛细管电泳
第11章 免疫学
11.1 酶与抗体的偶联
11.2 酶联免疫吸附分析（ELISA）
11.3 老鼠的免疫
11.4 单克隆抗体上清和腹水的制备
11.5 单克隆抗体的纯化
11.6 多克隆抗血清的制备
11.7 从抗血清、腹水或杂交瘤上清液中纯化免疫球蛋白G组分
11.8 免疫原性肽的选择
11.9 抗肽抗体的制备
第12章 DNA-蛋白质相互作用
12.1 从哺乳动物细胞中制备核和细胞质提取物
12.2 DNA结合在凝胶电泳中的迁移率变动分析
12.3 用来分析蛋白质-DNA相互作用的甲基化和尿嘧啶干扰分析法
12.4 DNA酶Ⅰ足迹分析法
12.5 蛋白质与核酸的紫外交联
12.6 用生物素／链霉亲和素亲和系统纯化DNA结合蛋白
12.7 编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定
12.8 用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA-蛋白质相互作用
12.9 序列特异性DNA结合蛋白的亲和层析纯化
12.10 PCR辅助的结合位点选择确定蛋白质-DNA序列的特异性
第13章 酿酒酵母
13.1 酵母菌培养基的制备
13.2 酵母菌的培养与操作
13.3 酵母菌基因组转座子的诱变
13.4 酵母菌载体与克隆基因表达产物的检测
13.5 将DNA导入酵母细胞
13.6 利用互补作用克隆酵母菌基因
13.7 酵母细胞中质粒的加工
13.8 克隆化酵母DNA的加工
13.9 酵母DNA的制备
13.10 酵母菌RNA的制备
13.11 制备酵母蛋白抽提物
第14章 原位杂交和免疫组织化学
14.1 组织、胚胎及单细胞的固定、包埋及切片
14.2 冰冻切片
14.3 细胞RNA的原位杂交
14.4 杂交探针的检测
14.5 放射自显影原位杂交玻片的复染和压片固定
14.6 免疫组织化学法
14.7 用非同位素探针进行原位杂交和检测
14.8 原位PCR和杂交检测低丰度的靶核酸
14.9 RNA在脊椎动物的胚胎和器官中的整体标本原位杂交和检测
14.10 荧光显微镜的原理及使用
14.11 共聚焦显微术基本原理
14.12 原位杂交的测量
14.13 细胞凋亡的形态：生化性质和流式细胞仪检测
14.14 β-半乳糖苷酶活性的整体封片免疫组化检测
第15章 聚合酶链反应（PCR）
15.1 PCR扩增DNA：标准程序和优化
15.2 利用PCR产物直接进行DNA序列测定
15.3 用于基因组测序及足迹分析的连接介导PCR
15.4 PCR产物的分子克隆
15.5 PCR扩增RNA（RT-PCR）
15.6 利用单侧PCR（锚式PCR）进行cDNA扩增
15.7 通过PCR方法对微量DNA进行定量分析
第16章 蛋白质的表达
16.1 蛋白质在大肠杆菌中的表达概述
16.2 T7噬菌体RNA聚合酶／启动子表达系统
16.3 融合蛋白载体表达概述
16.4 融合蛋白的酶解和化学裂解
16.5 谷胱甘肽-S-转移酶融合蛋白的表达及纯化
16.6 硫氧还蛋白融合蛋白的表达和纯化
16.7 杆状病毒表达系统的概述
16.8 昆虫细胞培养的保存及重组杆状病毒的产生
16.9 用杆状病毒系统表达和纯化重组蛋白
16.10 概述：蛋白质在哺乳动物细胞中表达
16.11 用COS细胞瞬时表达蛋白质
16.12 痘苗病毒表达系统概述
16.13 细胞系和痘苗病毒储液的制备
16.14 重组痘苗病毒的制备
16.15 重组痘苗病毒及其产物的鉴定
16.16 用痘苗病毒／T7 RNA聚合酶系统表达基因
16.17 自主调节的四环素控制系统诱导基因表达
16.18 从哺乳动物细胞中表达和纯化抗原决定簇标记的多亚基蛋白复合体
第17章 蛋白质磷酸化的分析
17.1 蛋白质磷酸化概述
17.2 32Pi标记培养细胞和制备用于免疫沉淀的细胞裂解物
17.3 磷酸氨基酸分析
17.4 分析非标记蛋白质的磷酸化作用
17.5 酶法检测磷酸化作用
17.6 特异性识别酪氨酸磷酸化肽的抗体的制备
17.7 用外源性底物分析蛋白激酶
17.8 研究蛋白质磷酸化的渗透策略
17.9 磷酸肽图谱和磷酸化位点的鉴定
第18章 生物信息学
18.1 用BLAST程序组进行序列相似性搜索
第19章 蛋白质相互作用的分析
19.1 利用相互作用阱／双杂交系统鉴定相互作用蛋白
19.2 与GST融合蛋白结合的蛋白质的亲和纯化
19.3 基于噬菌体表达克隆来确认相互作用蛋白质
19.4 表面等离子共振技术
19.5 用共沉淀法检测蛋白质蛋白质之间的相互作用
19.6 用FarWestern分析识别蛋白质相互作用
第20章 染色质的装配与分析
20.1 微球菌核酸酶分析染色质结构
20.2 分离Triton／乙酸／尿素聚丙烯酰胺凝胶电泳分离组蛋白变体和翻译后修饰异构体
20.3 用免疫共沉淀的方法从总细胞抽提物中确定与染色质结合的蛋白质
20.4 从哺乳动物细胞中分离组蛋白和核小体核心
20.5 用盐透析的方法组装核小体模板
20.6 使用果蝇系统进行染色质重组
第21章 核酸阵列
21.1 核酸阵列概述
21.2 用于表达分析的mRNA的制备
21.3 用cDNA阵列技术检测人的基因表达谱
第22章 组合文库的建立和使用
22.1 构建组合库及文库所用的DNA库的设计、合成和扩增
22.2 肽适配体：用于细胞过程的正向及反向分析的显性遗传学试剂
22.3 利用mRNA显示法进行蛋白筛选
第23章 单个细胞或一群细胞间差异表达基因的发现和分析
23.1 差减cDNA文库的建立
23.2 基于PCR的差减cDNA克隆
23.3 mRNA的PCR差异显示
23.4 限制性内切核酸酶介导的差异显示（RMDD）
23.5 基于AFLP的转录表达谱分析
23.6 基因表达系列分析（SAGE）
附录1 试剂和溶液
附录2 实用测量值和数据
附录3 生物化学和分子生物学常用技术
附录4 试剂和设备的供应商
附录5 参考文献
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